近年来，在各级政府和科技管理部门等的大力支持下，浙江中医药大学的科学研究工作有了长足的发展，学校的科研实力已经得到了广泛的社会认可。

学校拥有各级各类重点学科132个，其中中医临床基础为省属高校中唯一的国家重点学科，省部级重点学科61个；以中医学为支撑的临床医学学科、中药学为主要支撑的药理学与毒理学学科进入全球ESI学科排名前1%，ESI学科机构排名位列全国中医药院校第五位。中医学、中药学为浙江省优势特色学科、重中之重一级学科、浙江省一流学科(A类)，中西医结合为浙江省重中之重学科、浙江省一流学科(A类)，临床医学、药学、护理学、医学技术、公共卫生与预防医学、生物学等6个学科入选浙江省一流学科（B类）；学校共有国家中医药管理局重点学科29个，浙江省重点学科14个，浙江省中医药管理局重点学科64个，浙江省医学重点学科5个、医学支撑学科1个。

“十三五”以来，学校瞄准中医药领域的科技前沿和关键问题，着力提升中医药基础研究能力和关键技术突破能力，推动科研创新能力显著提升，基础条件不断垒实，科研项目持续增长。学校建有血液病、免疫风湿病国家中医临床研究基地，国家中医药管理局重点研究室3个、国家中医药科研实验室（三级）10个、拥有国家中医药管理局协同创新中心1个、浙江省重点实验室9个、浙江省公共科技条件平台2个、浙江省“2011协同创新中心”2个、浙江省工程研究中心2个，以及浙江省国际科技合作基地2个、浙江省重点科技创新团队4支、浙江省中医药科技创新平台1个、浙江省中医药科研重点实验室8个。

“十三五”期间学校承担厅局级及以上科研项目2000余项，其中国家级科研项目立项288项（含重点重大9项），较“十二五”增长41%。

    “十三五”期间学校共获教育部科学研究优秀成果奖、浙江省科学技术奖、中华中医药学会科学技术奖等省部级科技成果奖励51项，其中浙江省科学技术奖一等奖3项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）二等奖5项。发表SCI、SSCI、EI等收录论文1854篇；SCI top期刊收录论文74篇；在国内一级期刊发表学术论文1900余篇（依据学校的期刊分级目录）。获药物临床试验批件(松葛降尿酸颗粒)1项；授权专利358项，其中授权发明专利104项，包括美国国家发明专利1项。协同社会合作处共同推进校企合作，与省内外40多家公司、企业开展技术开发、科技咨询等合作与服务，签署横向项目合同248项，合同金额8600万元，累计到账经费3357万元,2019年已实现年度横向科技经费达1500万元的目标。转让、转化“方氏”电针仪发明专利等成果4项。

    学校先后与丽水市、磐安县、甘肃省渭源县、江西省樟树市等地开展产学研战略合作，服务地方经济社会和中医药事业发展；与浙江省国贸集团、富春控股集团等知名企业开展深层次、全方位产学研合作，推动产业转型升级。